Os analizadores xenéticos que se encontran na unidade baséanse en electroforese capilar e detección inducida por láser. Estes equipos permiten realizar varias aproximacións á análise do ADN de distintos organismos, mediante dúas técnicas: a secuenciación automática de ADN e a análise do tamaño de fragmentos de ADN xerados por reacción en cadea de polimerase PCR (AFLP, microsatélites etc.).
Secuenciación automática de ADN
Mediante a secuenciación automática obtense a secuencia de nucleótidos dunha mostra de ADN, que pode estar clonado nun vector ou ser directamente un produto de PCR. A secuenciación automática de ADN utiliza a metodoloxía de Sanger cunha polimerase termoestable que permite unha reacción de secuenciación cíclica. A detección de cada unha das bases realízase polo método de terminación de cadea en que os ddNTP están marcados con catro fluorocromos que emiten a diferentes lonxitudes de onda, de forma que a medida que se incorporan e deteñen a elongación, marcan a base que incorporaron.
Análise do tamaño de fragmentos
Mediante as técnicas de xenotipado poden visualizarse moitos fragmentos de ADN amplificados simultaneamente, e obter deste modo patróns de bandas ou "fingerprints" que poden utilizarse en moitas aplicacións tales como a identificación de mostras específicas de ADN (por exemplo: o estudo de microsatélites nunha poboación, estudos de ADN fingerprinting mediante técnicas AFLP, as probas de paternidade, as probas forenses etc.). Esta metodoloxía utiliza cebadores marcados fluorescentemente cos mesmos fluorocromos que se empregan para a secuenciación. Poden utilizarse atécatro marcadores fluorescentes simultaneamente (un deles reservado para o marcador de tamaños moleculares) e combinar diferentes tamaños alélicos na mesma mostra polo que por cada capilar nunha mesma electroforese poden analizarse multitude de fragmentos. Mediante un programa de análise detéctanse os diferentes fragmentos que se xeraron, podéndose correr até tres mostras distintas posto que ao iren marcadas con fluorocromos distintos na análise discrimínase por cores.
Análise de SNP
A análise de polimorfismos dunha soa base (SNP) baséase no uso de cebadores específicos que rematen xusto antes da base que se vai determinar. Realízase unha reacción de PCR só cos catro dideoxinucleótidos marcados cada un cun fluoróforo diferente. A detección da base incorporada revela a presenza/ausencia de polimorfismo.
