Los analizadores genéticos que se encuentran en la unidad se basan en electroforesis capilar y detección inducida por láser. Estos equipos permiten realizar varias aproximaciones al análisis del ADN de distintos organismos, mediante dos técnicas: la secuenciación automática de ADN y el análisis del tamaño de fragmentos de ADN generados por PCR (AFLPs, microsatélites, etc.).
Secuenciación automática de ADN
Mediante la secuenciación automática se obtiene la secuencia de nucleótidos de una muestra de ADN, el cual puede estar clonado en un vector o ser directamente un producto de PCR.
La secuenciación automática de ADN utiliza la metodología de Sanger con una polimerasa termoestable que permite una reacción de secuenciación cíclica. La detección de cada una de las bases se realiza por el método de terminación de cadena en el que los ddNTPs se encuentran marcados con 4 fluorocromos que emiten a diferentes longitudes de onda, de forma que a medida que se incorporan y detienen la elongación, marcan la base que han incorporado.
Análisis del tamaño de fragmentos
Mediante las técnicas de genotipado, se pueden visualizar muchos fragmentos de ADN amplificados simultáneamente, obteniéndose de este modo patrones de bandas o "fingerprints" que pueden utilizarse en muchas aplicaciones tales como la identificación de muestras específicas de ADN ( por ejemplo: estudio de microsatélites en una población, estudios de ADN fingerprinting mediante técnicas AFLPs, pruebas de paternidad, pruebas forenses, etc.) Esta metodología utiliza cebadores marcados fluorescentemente con los mismos fluorocromos que se emplean para la secuenciación. Se pueden utilizar hasta 4 marcadores fluorescentes simultáneamente (uno de ellos reservado para el marcador de tamaños moleculares) y combinar diferentes tamaños alélicos en la misma muestra por lo que por cada capilar en una misma electroforesis se pueden analizar multitud de fragmentos.
Mediante un programa de análisis se detectan los diferentes fragmentos que se ha generado, pudiéndose correr hasta 3 muestras distintas puesto que al ir marcadas con fluorocromos distintos en el análisis se discrimina por colores.
Análisis de SNP
El análisis de polimorfismos de una sola base (SNPs) se basa en el uso de cebadores específicos que terminen justo antes de la base a determinar. Se realiza una reacción de PCR sólo con los 4 dideoxinucleótidos marcados cada uno con un fluoróforo diferente. La detección de la base incorporada revela la presencia/ausencia de polimorfismo.
